STIKES Katolik St. Vincentius berada dibawah Yayasan Pendidikan Kesehatan Arnoldus (YPKA). YPKA berdiri tanggal 1 Maret 2012, sebelum nya STIKVINC berada dibawah pengelolan Yayasan Arnoldus.
Berdasarkan akta tanggal 14 Februari 2017 Nomer 26, susunan organ Yayasan sebagai berikut: